এস্তোনিয়া মূলত একটি নিম্ন সমতলভূমি। বাল্টিক সাগরে এর তটরেখার দৈর্ঘ্য ১৩৯৩ কিলোমিটার এবং এই উপকূলে প্রায় ১৫২০টি ছোট ছোট দ্বীপ আছে। এদের মধ্যে সারেমা ও হিলুমা দ্বীপ দুইটি এস্তোনীয়দের পছন্দের অবকাশকেন্দ্র। দক্ষিণ-পূর্বের পাহাড়ি এলাকার ৩১৮ মিটার উচ্চতাবিশিষ্ট সুর মুনামাগি দেশের সর্বোচ্চ বিন্দু। দেশটির প্রায় ১৮০০০ বর্গকিলোমিটার এলাকা বনভূমি। বাকী অংশ কৃষিকাজ, পশু চরানোর কাজে ব্যবহৃত। দেশটিতে প্রায় ১৪০০ প্রাকৃতিক ও কৃত্রিম হ্রদ আছে। এদের মধ্যে বৃহত্তম হল পেইপসি হ্রদ, যা এস্তোনিয়া ও রাশিয়ার সীমান্তে অবস্থিত। দেশটির বহু নদীর মধ্যে নার্ভা ও এমায়োগি সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ।
