জেমল

জেমল (Jmol)

স্ট্রেপ্টাভিডিনের ত্রি-মাত্রিক গঠন জেমল-এ দৃশ্যমান
উন্নয়নকারী	জেমল ডেভেলপমেন্ট টিম
প্রাথমিক সংস্করণ	২০০১ (2001)
স্থিতিশীল সংস্করণ	16.3.7  / ২২ ডিসেম্বর ২০২৪ (22 December 2024)
রিপজিটরি	sourceforge.net/projects/jmol
যে ভাষায় লিখিত	জাভা
অপারেটিং সিস্টেম	ক্রস-প্ল্যাটফর্ম
প্ল্যাটফর্ম	যেসব সিস্টেমে জাভা ইনস্টল আছে এবং ওয়েব ব্রাউজার জাভা ছাড়াও চলে
উপলব্ধ	২৪টি ভাষায়
ভাষার তালিকা বাস্ক, কাতালান, চীনা (চীনা ও তাইওয়ান), চেক, ড্যানিশ, ডাচ, ইংরেজি (যুক্তরাজ্য ও যুক্তরাষ্ট্র), ফিনিশ, ফরাসি, জার্মান, হাঙ্গেরিয়ান, ইন্দোনেশীয়, ইতালিয়ান, জাপানি, কোরিয়ান, মালয়, পর্তুগিজ (ব্রাজিল), রুশ, স্প্যানিশ, সুইডিশ, তুর্কি ও ইউক্রেনীয়
ধরন	আণবিক মডেলিং
লাইসেন্স	LGPL ২.০
ওয়েবসাইট	www.jmol.org

জেমল একটি কম্পিউটার সফটওয়্যার, যা আণবিক গঠনকে ত্রিমাত্রিকভাবে প্রদর্শনের জন্য ব্যবহৃত হয়। এটি একটি ওপেন-সোর্স জাভাভিত্তিক দর্শক (viewer), যা রাসায়নিক গঠনগুলোকে ত্রিমাত্রিকে উপস্থাপন করে।

এর নামটি এসেছে ‘জাভা’ শব্দ ও ‘মলিকিউল’ (molecule) শব্দের ‘mol’ অংশ থেকে, এবং এটি mol ফাইল ফরম্যাটকেও নির্দেশ করে।

জেএসমল (JSmol) হল জেমলের জাভাস্ক্রিপ্ট সংস্করণ, যা একই কার্যকারিতা ওয়েব ব্রাউজারে সরাসরি চালাতে সক্ষম করে। এটি ব্যবহারকারীদের ওয়েব পেজে ইন্টারঅ্যাকটিভ ৩ডি মডেল এম্বেড করতে দেয়, এবং এর জন্য অতিরিক্ত কোনো সফটওয়্যার দরকার হয় না—শুধুমাত্র ওয়েব ব্রাউজারই যথেষ্ট (এটি জাভা ব্যবহার করে না)।

জেমল ও জেএসমল উভয়ই একটি অনু বা অন্যান্য গঠনের ইন্টারঅ্যাকটিভ ত্রিমাত্রিক রূপ উপস্থাপন করতে পারে, যা শিক্ষাদান বা গবেষণার কাজে ব্যবহৃত হয়। এটি রসায়ন, জৈব রসায়ন, উপাদান বিজ্ঞান, স্ফটিকবিজ্ঞান, সমমিতি এবং ন্যানোপ্রযুক্তিসহ নানা ক্ষেত্রে ব্যবহৃত হয়।

সফটওয়্যার

জেমল জাভা প্রোগ্রামিং ভাষায় লেখা হয়েছে, তাই এটি বিভিন্ন অপারেটিং সিস্টেমে চালানো যায়—যেমন: উইন্ডোজ, ম্যাকওএস, লিনাক্স ও ইউনিক্স—যতক্ষণ না ঐ সিস্টেমে জাভা ইনস্টল থাকে। এটি একটি মুক্ত ও ওপেন-সোর্স সফটওয়্যার, যা LGPL সংস্করণ ২.০ অনুযায়ী প্রকাশিত হয়েছে। এই সফটওয়্যারের ইন্টারফেস ২০টিরও বেশি ভাষায় অনূদিত হয়েছে।

জেমলের কয়েকটি ভিন্ন সংস্করণ রয়েছে:

• একটি স্বতন্ত্র অ্যাপ্লিকেশন (Jmol অ্যাপ্লিকেশন), যা একটি মাত্র Jmol.jar ফাইল হিসেবে পাওয়া যায়। এটি ইনস্টল ছাড়াই চালানো যায়, শুধু কম্পিউটারে জাভা থাকতে হবে।
• একটি সফটওয়্যার ডেভেলপমেন্ট কিট (SDK), যা অন্যান্য জাভা অ্যাপ্লিকেশনের সঙ্গে একত্রিত করা যায়—যেমন বায়োক্লিপস (Bioclipse) ও টাভের্না (Taverna)।
• জেএসমল (JSmol), একটি জাভাস্ক্রিপ্ট লাইব্রেরি যা ওয়েবপেজ ও উইকিতে ৩ডি মডেল যুক্ত করতে সাহায্য করে।

আণবিক গঠনগুলোকে বিভিন্ন রেন্ডারিং শৈলীতে উপস্থাপন করা যায়, যেমন: বল-এবং-স্টিক মডেল, স্পেস-ফিলিং মডেল, রিবন ডায়াগ্রাম, আণবিক পৃষ্ঠ ইত্যাদি।

জেমল অনেক ধরনের রাসায়নিক ফাইল ফরম্যাট সমর্থন করে, যেমন: প্রোটিন ডেটা ব্যাংক (pdb), স্ফটিক তথ্য ফাইল (cif ও mmcif), এমডিএল মলফাইল (mol ও sdf), এবং কেমিক্যাল মার্কআপ ল্যাঙ্গুয়েজ (CML)। এটি অন্যান্য ৩ডি ডেটাযুক্ত কাঠামোর ফাইলও প্রদর্শন করতে পারে।

জেএসমল জাভাভিত্তিক জেমল অ্যাপলেটের (Jmol applet) বিকল্প হিসেবে এসেছে, যা পূর্বে চাইম প্লাগ-ইনের বিকল্প হিসেবে তৈরি হয়েছিল। এই দুই প্রযুক্তিই ওয়েব ব্রাউজারে সমর্থন হারিয়েছে।

চাইমের ফিচার পুনরুত্পাদনের জন্য জেমল চালু করা হয়েছিল (Sculpt মোড ছাড়া), এবং এরপর থেকে এটি ক্রমাগত নতুন ফিচার যুক্ত করে বেড়ে উঠেছে—শুধু আণবিক গঠন প্রদর্শনের চেয়ে অনেক বেশি কিছু করতে পারে এখন। বিশেষভাবে উল্লেখযোগ্য হলো এর বিশাল সংখ্যক কমান্ড এবং একটি শক্তিশালী স্ক্রিপ্টিং ভাষা—জেমলস্ক্রিপ্ট (JmolScript)। এতে প্রোগ্রামিং ভাষার অনেক বৈশিষ্ট্য আছে, যেমন: ভেরিয়েবল, অ্যারে, গাণিতিক ও বুলিয়ান অপারেটর, SQL-সদৃশ প্রশ্ন, ফাংশন, লুপ, শর্ত, try-catch, switch ইত্যাদি।

স্ক্রিনশটসমূহ

• 
  জলের অণুর জন্য দুটি স্বচ্ছ সমতল, যা তার সমমিতি সমতল নির্দেশ করছে।
• 
  অ্যালিন অণুর তড়িৎ-স্থিতিশীল বিভব, একটি স্বচ্ছ পৃষ্ঠের ওপর মানচিত্ররূপে দেখানো হয়েছে।
• 
  ক্যাফেইনের ছায়াযুক্ত রেন্ডারিং, যেখানে কিছু পরিমাপ দেখানো হয়েছে (দূরত্ব, কোণ, ডাইহেড্রাল কোণ)।
• 
  একটি SN2 বিক্রিয়ার অ্যানিমেশন, যেখানে ক্লোরিন ও কার্বনের মধ্যে দূরত্ব মাপা হচ্ছে।
• 
  কোয়ার্টজ স্ফটিকের গঠন প্রদর্শন, যেখানে ২×২×২ ইউনিট সেল পূর্ণ হয়েছে। ইউনিট সেলের বাউন্ডারি বক্স আঁকা আছে এবং তার তথ্য উপরের বামে দেখানো হয়েছে।
• 
  বেঞ্জিনের পি-অরবিটালসমূহের কার্টুন রূপ এবং সংশ্লিষ্ট স্বচ্ছ আণবিক অরবিটাল প্রদর্শিত হয়েছে।
• 
  Pyrococcus furiosus থেকে প্রাপ্ত একটি H/ACA বক্স RNP-এর স্ফটিক গঠন।
• 
  হিমোগ্লোবিন টেট্রামের মধ্যে দুটি লবণ সেতু হাইলাইট করা হয়েছে (নীচের ডানদিকে হিমো গ্রুপটি স্টিক আকারে দেখানো হয়েছে)।
• 
  ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর TFIIIA-এর একটি খণ্ডাংশ, যেখানে তিনটি পরপর জিঙ্ক ফিঙ্গার মোটিফ ডিএনএ-এর একটি অংশে আবদ্ধ রয়েছে।
• 
  Thermus thermophilus-এর ইউব্যাক্টেরিয়াল ৭০এস রিবোজোম।

বহিঃসংযোগ

• JSmol-এর সক্ষমতার প্রদর্শনী — একটি সহজ ওয়েব পৃষ্ঠা, যেখানে JSmol-এর বিভিন্ন বৈশিষ্ট্য ইন্টারঅ্যাকটিভভাবে উপস্থাপন করা হয়েছে।
• Jmol ওয়েবসাইট (সরকারি ওয়েবসাইট, তবে সম্পূর্ণ হালনাগাদ নয়)
• Jmol উইকি — একটি সক্রিয় ও নিয়মিত হালনাগাদ হওয়া প্ল্যাটফর্ম, যেখানে আছে জেমল-ব্যবহারকারী ওয়েবসাইট, উইকি, এবং মুডল-এর তালিকা।
• Hanson, Robert M.; Prilusky, Jaime; Renjian, Zhou; Nakane, Takanori; Sussman, Joel L. (২০১৩)। "JSmol and the next-generation web-based representation of 3D molecular structure as applied to Proteopedia"। Israel Journal of Chemistry। ডিওআই:10.1002/ijch.201300024। উদ্ধৃতি টেমপ্লেট ইংরেজি প্যারামিটার ব্যবহার করেছে (link)
• মিডিয়াউইকির জন্য Jmol এক্সটেনশন
• মিডিয়াউইকির জন্য Jmol এক্সটেনশন (SourceForge এ)
• মিডিয়াউইকির জন্য Jmol এক্সটেনশন (JmolWiki-তে)
• প্রোটিওপিডিয়া – ৩ডি-তে জীবনের জগৎ, একটি সহযোগিতামূলক ও মুক্ত ত্রি-মাত্রিক বিশ্বকোষ যা প্রোটিন ও অন্যান্য বায়োমলিকিউল নিয়ে নির্মিত। (মূল উপাদান হিসেবে Jmol এক্সটেনশন ব্যবহার করে)
• বায়োমডেল — প্রাণরসায়ন ও আণবিক জীববিদ্যা শেখার জন্য সহায়ক প্ল্যাটফর্ম।
• মলভিউ — অনলাইন আণবিক দর্শন সফটওয়্যার।